Największą bitwą Armii Krajowej stało się Powstanie Warszawskie. Było to także największe wystąpienie zbrojne w całej okupowanej Europie. Z tego względu należy mu się osobne wspomnienie.
Odwrót wojsk niemieckich, spodziewane wkroczenie Sowietów do Warszawy, nastroje mieszkańców miasta oraz widoki na polityczne korzyści udanej akcji zbrojnej przemawiały za podjęciem walki w stolicy. Samodzielne opanowanie stolicy siłami Armii Krajowej przed wejściem Armii Czerwonej miało stworzyć warunki do jawnej działalności polskich władz konspiracyjnych podległych rządowi na obczyźnie, a równocześnie stanowić odpowiedź na działania polskich komunistów (powołanie Polskiego Komitetu Wyzwolenia Narodowego, wezwania do powstania w Warszawie).
Na wieść o pojawieniu się sowieckich czołgów na Pradze komendant główny Armii Krajowej gen. Tadeusz "Bór" Komorowski, w porozumieniu z Delegatem Rządu na Kraj, 31 lipca o godz. 18.00 wydał rozkaz o rozpoczęciu powstania. Termin jego wybuchu (godzina "W") został wyznaczony na godz. 17.00 dnia 1 sierpnia.
Polski plan zakładał równoczesny atak na najważniejsze punkty miasta (mosty, siedziby władz okupacyjnych, magazyny wojskowe itp.). Siły Armii Krajowej wynosiły ok. 50 000 żołnierzy, jednak nie do wszystkich dotarł rozkaz o godzinie "W". Do ataku przystąpiło ok. 23 000, z których tylko ok. 10% było uzbrojonych. Polacy dysponowali zapasami amunicji na 2-3 dni intensywnych walk. Wśród żołnierzy panowała chęć rozpoczęcia walki, stanowiącej dla nich zadośćuczynienie za pięć lat zbrodni okupantów. W dalszych dniach do szeregów dołączali także ochotnicy oraz przedstawiciele innych organizacji konspiracyjnych.
W momencie wybuchu powstania niemiecki garnizon Warszawy (dowódca gen. Rainer Stahel) liczył ok. 15 000 ludzi. Uderzenie Polaków zaskoczyło Niemców. Powstańcy opanowali większość miasta, jednak punkty o znaczeniu strategicznym (np. mosty na Wiśle czy lotniska) nie zostały przez nich zdobyte.
Na wieść o wybuchu walk w Warszawie Adolf Hitler nakazał za wszelka cenę stłumić powstanie, a miasto zniszczyć. Każdego mieszkańca należy zabić, nie wolno brać żadnych jeńców, Warszawa ma być zrównana z ziemią i w ten sposób ma być stworzony zastraszający przykład dla całej Europy.
Walki w Warszawie utrudniały Niemcom przerzucanie sił na prawy brzeg Wisły, celem wsparcia walczących tam z Sowietami oddziałów 9 Armii. Z tego też względu dla nieprzyjaciela miało olbrzymie znaczenie odblokowanie ulic wiodących do mostów w Warszawie.
Do 4 sierpnia oddziały powstańcze posiadały inicjatywę. Jednak wobec małej ilości amunicji Komenda Główna wydała rozkaz przerwania akcji zaczepnych i przejścia do obrony. Osamotniony za rzeką obwód praski na rozkaz swego komendanta 3 sierpnia zakończył walkę zbrojną, ponownie przechodząc do konspiracji. Część jego żołnierzy przedostała się na drugą stronę Wisły, zasilając tamtejsze oddziały powstańcze.
Na rozkaz Heinricha Himmlera od 4 sierpnia do miasta zaczęły przybywać formacje SS i policji, z których sformowano liczący ok. 25 000 ludzi specjalny korpus gen. Ericha von dem Bacha. Do zwalczania powstańców wydzielono niektóre oddziały 9 Armii. Ogółem siły niemieckie wynosiły ponad 50 000 ludzi, wspieranych przez broń pancerną, artylerię i lotnictwo.
5 sierpnia rano Niemcy rozpoczęli natarcie na siły powstańcze na Woli i Ochocie. Do wieczora 6 sierpnia opanowali arterię przelotową wschód-zachód, docierając do okrążonej grupy gen. Stahela. Podczas walk na Woli w ciągu 5 i 6 sierpnia żołnierze niemieccy zamordowali ok. 40 000 cywilów. Do 11 sierpnia atakujący całkowicie opanowali Wolę i Ochotę, gdzie również wymordowano licznych mieszkańców miasta. Obrona tych dzielnic umożliwiła Polakom konsolidację obrony w innych częściach miasta.
Po zdobyciu Woli i Ochoty wojska niemieckie przypuściły szturm na Stare Miasto, zamykające wylot głównej arterii komunikacyjnej na most Kierbedzia. Siły powstańcze na tym terenie liczyły ok. 9 000 ludzi. Walki na Starym Mieście trwały do 2 września i miały niezwykle krwawy przebieg. W ich efekcie obie strony ponosiły olbrzymie straty, wynoszące średnio po kilkuset żołnierzy dziennie. Wwalce Niemcy wykorzystywali m.in. najcięższą artylerię (o kalibrze 600 mm i więcej). W następstwie boju całkowitemu zniszczeniu uległa zabytkowa część miasta. Powstańcy w większości kanałami ściekowymi przedostali się do Śródmieścia.
Oddziały Armii Krajowej, walczące w innych częściach stolicy, w tym czasie osiągały lokalne sukcesy. M.in. zdobyły gmach PAST-y przy ul. Zielnej (20 sierpnia) i Komendy Policji (23 sierpnia). Na obszarach zajętych przez powstańców funkcjonowała obsługiwana przez młodych harcerzy poczta polowa. Wydawano liczne tytuły prasowe, uruchomiono radio "Błyskawica".
Niemieckie dowództwo, liczące się z możliwością natarcia sowieckiego na Pragę, nakazało działania zmierzające do odrzucenia sił powstańczych znad Wisły. 5 września Niemcy podjęli atak na północną część Śródmieścia, który jednak został odparty.
10 września wojska sowieckie i polska 1 Dywizja Piechoty odrodzonego Wojska Polskiego rozpoczęły natarcie w kierunku Pragi i do 14 września dotarły nad prawy brzeg Wisły. W tym czasie Niemcy niemal całkowicie oczyścili z powstańców rejon Czerniakowa.
Z inicjatywy gen. Zygmunta Berlinga od 16 do 21 września oddziały 1 Armii Wojska Polskiego usiłowały sforsować rzekę, by przyjść z pomocą powstańcom. Jednak próby te nie przyniosły większych rezultatów. Żołnierze Wojska Polskiego, nie wyszkoleni do walki w mieście, ponosili ciężkie straty. Ostatecznie Niemcy zlikwidowali opór na Czerniakowie (23 września). Następnie oddziały gen. von dem Bacha podjęły atak na Mokotów. 27 września powstańcy złożyli tu broń. 30 września skapitulowała załoga Żoliborza, zaś 2 października reszta sił powstańczych.
W ciągu 63 dni samotnej walki poległo ok. 18 000 powstańców, ok. 25 000 odniosło rany. Straty oddziałów Wojska Polskiego wynosiły blisko 3000 żołnierzy. Zginęło ok. 180 000 cywilów. W wyniku walk Niemcy mieli ok. 10 000 zabitych, 9 000 rannych i 7 000 zaginionych żołnierzy.
Szczególnie tragiczny był los ludności cywilnej Warszawy, żyjącej w walczącym mieście. Pozbawiona żywności, dostępu do lekarstw czy wystarczającej ilości wody, była zmuszona do ciągłego ukrywania się przed ostrzałem w piwnicach domów.
Tragedia powstańczej Warszawy była przede wszystkim następstwem polityki sowieckiej wobec Polski. Po rozpoczęciu walki przez Polaków Stalin wydał rozkaz natychmiastowego wstrzymania natarcia w kierunku Warszawy. Decyzja ta oznaczała świadome oddanie miasta na łaskę wroga. Dawała Stalinowi także doraźne korzyści - rękami Niemców likwidował Armię Krajową, stanowiącą poważną przeszkodę w pełnym podporządkowaniu Polski swej woli.
Oddziały sowieckie tylko w małym stopniu wspierały powstańców, głównie poprzez dostarczanie im broni, amunicji i żywności. To miało przedłużyć opór Polaków, a tym samym doprowadzić do poniesienia przez nich większych strat. Natomiast spieszące Warszawie z pomocą oddziały Armii Krajowej z innych części kraju były zwalczane przez Armię Czerwoną, podobnie jak i przez Niemców.
Państwa zachodnie z rezerwą odniosły się do Powstania Warszawskiego. Nie podjęły poważniejszych starań, by nakłonić Stalina do udzielenia Warszawie pomocy. Dopiero 30 sierpnia 1944 r. Amerykanie i Brytyjczycy oficjalnie uznali, że Armia Krajowa stanowi część sił alianckich i powstańcom przysługują prawa żołnierzy armii regularnych. Bardzo ograniczony charakter miała aliancka pomoc lotnicza. Wynikało to z faktu, że startujący z terenu Włoch lotnicy ponosili ogromne straty podczas lotów do Polski. Przez długi czas Stalin nie wyrażał zgody na lądowanie maszyn sprzymierzonych na sowieckich lotniskach, co mogło w sposób znaczący podnieść skuteczność tej operacji. Dopiero po jej uzyskaniu 18 września dotarła z pomocą dla Polaków wielka wyprawa aliancka (110 samolotów) nad Warszawę. Wobec niewielkiego już obszaru miasta zajmowanego przez powstańców większość zrzutów wpadła w ręce niemieckie (ze 107 powstańcy odebrali tylko 15).
Po upadku powstania Niemcy przystąpili do systematycznego niszczenia miasta. Jak pisał polski historyk, żołnierz Armii Krajowej, płk Adam Borkiewicz:
Z 24 724 budynków, jakie posiadała Warszawa przed powstaniem, zburzonych zostało zupełnie 10 455, a więc przeszło 42%, z pozostałych zaś większość wymagała przebudowy. Z 987 budowli zabytkowych ocalało 64, a więc zaledwie 6,5%. Zburzono 25 świątyń, spalona została Politechnika oraz większość budynków Uniwersytetu Warszawskiego wraz z zakładami naukowymi; zniszczono gmachy 64 szkół średnich, 81 szkół powszechnych. Spalonych zostało 14 bibliotek, w tym Biblioteka Narodowa, przepadły archiwa i wielka ilość dzieł sztuki.
Generał Tadeusz Komorowski "Bór"
Podczas I wojny światowej służył w armii austro-węgierskiej.
Od 1918 r. w Wojsku Polskim.
W czasie kampanii 1939 r. był zastępcą dowódcy improwizowanej brygady kawalerii. Następnie uczestniczył w pracach konspiracyjnych. Był komendantem okręgu, zastępcą komendanta głównego i dowódcą Armii Krajowej.
W 1944 r. otrzymał stopień gen. dyw. 30 IX 1944 r. mianowany Naczelnym Wodzem.
Po upadku Powstania Warszawskiego przebywał w niewoli niemieckiej.
Po uwolnieniu zamieszkał w Londynie, gdzie zmarł 24 VIII 1966 r.
Odznaczony orderem Virtuti Militari 2, 3, 4 i 5 kl. oraz amerykańskim orderem Legii Zasługi.